Friday, May 15, 2009

Marqueurs génétiques et provinces françaises Genetic markers and French provinces

Voici une conférence de l'Université de Toulouse de 2002 consacrée à l'immunogénétique et plus particulièrement à l'étude du système HLA.

Here's a conference by the University of Toulouse from 2002 dedicated to immunogenetics and more particularly to the HLA system :

A propos du système HLA / About the HLA system :
http://en.wikipedia.org/wiki/Human_leukocyte_antigen

Lien de la conférénce / Link to the conference : Génétique, population et maladies


Je cite / I quote :

"Prenons un allèle ou une famille d’allèles HLA...
Par exemple HLA-DR4, un marqueur associé à plusieurs maladies auto-immunes. [...]
Pour DR4, on observe un gradient décroissant Ouest/Est et Nord/Sud avec un maximum dans
le Finistère et un minimum en Béarn, en Pays basque et en Corse.

Let's take an allele or a family of HLA alleles ... For instance HLA-DR4, a marker associated with many auto-immune illnesses. [...] For DR4, we observe a fading gradient West/East and North/South with a maximum in Finistère and a minimum in Béarn, the Basque Country and Corsica.

[...]


Premier exemple : HLA-DR2 et HLA-A2, B7, DR2.
Pour l'allèle DR2, on observe une fréquence importante dans la moitié Nord et notamment à l'Ouest de la France (Finistère) et une relative rareté dans le Sud (Pays basque, Béarn, Corse).
Quand on analyse la distribution de fréquence de l'haplotype HLA-A2, B7, DR2 (un haplotype fréquent en France), il y a toujours une fréquence élevée dans la moitié Nord mais une zone de fréquence maximale apparaît dans le Sud-Est.

First example : HLA-DR2 et HLA-A2, B7, DR2. For DR2; we observe an important frequency in the Northern half and more particularly in the Western part of France (Finistère) and a relative rarity in the South (Basque Country, Béarn, Corsica). When one analyzes the distribution of the HLA-A2, B7, DR2 haplotype (very frequent in France), it's quite abundant in the North but a zone of maximal frequency is in the South-East.


Autre exemple : HLA-DR3 et HLA-A1, B8, DR3.
Notons que c'est l'haplotype le plus fréquent en France et en Europe. La différence de distribution de l’allèle DR3 et de l’haplotype indiqué est frappante : Pour DR3 seul, le Sud-Ouest, Béarn et Pays basque en particulier et le nord de la France sont les zones de fréquence maximale, et pour l'haplotype HLA-A1, B8, DR3, c'est le Nord-Ouest qui est la zone de prépondérance, avec une quasi-absence dans le Sud-Ouest... Explication : Dans le Sud-Ouest, HLA-DR3 est porté le plus souvent par un autre haplotype, un haplotype particulier rencontré
fréquemment en Pays basque, Aquitaine, Sardaigne et Espagne.

Other example : HLA-DR3 et HLA-A1, B8, DR3. Let's note that it's the most common haplotype in France and Europe. The difference of distribution for the DR3 allele and the indicated haplotype is striking : for DR3 alone, the South-East, Béarn and the Basque Country particularly and the North of France are zones of maximal frequency, and for the HLA-A1, B8, DR3 haplotype, it's mostly found in the North-East and is virtually absent from SW France. Explanation : in the SW, HLA-DR3 is born by another haplotype, a very peculiar one found frequently in the Basque Country, Sardinia and Spain.

[...]


Voici maintenant les résultats de l'analyse en composantes principales, sous forme de cartes de géographie génétique, permettant de distinguer les zones présentant des différences significatives pour les distributions de fréquence des marqueurs génétiques des systèmes étudiés. La variabilité commune à plusieurs gènes est décomposée et illustrée en cartes différentes.

Here are the results of the analyzis in principle components in the form of maps of genetic geography that allow us to distinguish zones that exhibit significant differences when it comes to the distribution of frequency for the genetic markers of the studied systems. Variability that is common to several genes is broken down and illustrated through various maps.


- Sur une première carte, on observe un gradient Nord/Sud (ou Sud/Nord), révélant de plus l'existence de différences entre l'Alsace et la Lorraine et montrant la spécificité du Pays Basque et du Béarn. Il faut savoir que cette carte représente 20% de la variabilité génétique totale ans notre étude. On peut la considérer comme la carte de la composante méditerranéenne, comme si elle décrivait un centre de diffusion d’anciennes populations Ibero-Liguriennes au sud-est et un analogue centre de diffusion au Sud-Ouest, siège des Paleo-basques. Dès 500 avant J.C. plusieurs grandes régions se sont individualisées : outre l’aire méditerranéenne économique et culturelle et la région celtique couvrant le bassin parisien et l’est, on voit s’établir une complémentarité agro-pastorale entre Pyrénées et Aquitaine au sud de la Garonne, tandis que le climat et les différences dans l’origine du peuplement se traduisent par un contraste croissant entre les zones nord-nord-est et sud-sudouest du massif central. La pénétration méditerranéenne vers le nord trouve son équilibre avec l’établissement des populations originaires de l’Europe centrale.

- In the first map, we observe a North/South gradient that emphasizes on the existence of differences between Alsace and Lorraine and shows us the specificity of the Basque Country and Béarn. This map depicts 20% of our study's genetic variability. We can consider that it's a map depicting the mediterranean component as it seems to describe a centre of diffusion of ancient Ibero-Ligurian populations in the South and a similar one in the SW where were Paleo-Basques. As soon as 500 BC, many greater regions were individualized : in addition to the economic mediterranean area and the celtic region in the Parisian Basin and the East, one can notice agro-pastoral complementarity between the Pyrenees and Aquitania South of the Garonne river, whereas climate and differences in the origin of peopling result in a growing contrast between zones situated NNE and SSW of Massif Central. The mediterranean penetration into the North finds its equilibrium with the settlement of populations coming from Central Europe.


- Selon la deuxième carte, qui synthétise de façon indépendante, environ 15% de l’information présente dans les données, c'est un gradient inverse que l'on met en évidence. Si on essaye d'interpréter la signification de ces observations en terme de peuplement, ce sont les vagues successives de diffusion depuis l'Europe centrale qui se trouvent évoquées : premières installations de populations du Danube au 3ème et 4ème millénaire avant notre ère, établissement des celtes en Gaule au cours du demimillénaire précédant l’ère chrétienne, enfin prospection d'un vaste territoire vers l’est sur lequel les Francs ont étendu leur royaume pendant le Haut Moyen-Age.

- According to the second map which independently synthesizes about 15% of the data, a reverse gradient is revealed. If we try to interpret the meaning of those observations in terms of peopling, one can evoke successive waves of diffusion coming from Central Europe : first settlements of populations from the Danube in the 3rd or 4th millenium BC, and eventually prospection of a vast territory in the East where the Franks extended their kingdom during the High Middle-Ages.



- Quant à la troisième carte qui correspond à 12% de la variabilité totale, c'est un gradient est/ouest qu'on y observe. On peut interpréter cette carte comme résultant des installations de populations de l’Aquitaine à la Bretagne : les populations qui habitaient entre la Loire et la Garonne ont été si différentes de celles de l’intérieur qu’elles ont gardé leurs caractéristiques sans être complètement assimilées même pendant la domination des gaulois.

- As for the third map which amounts to 12% of total variability, one can observe a East/West gradient. We can interpret this map as the result of settlements from Aquitania to Brittany: the people inhabiting the regions between the Loire and the Garonne rivers were that different from those in the interior that they retained their characteristics without being assimilated including under Gaulish rule.


Quant à la superposition informatique des trois cartes, elle aboutit à une carte complexe, qui se révèle comparable à la carte des dialectes et langues en France.

The numeric superposition of these maps leads to a complex map which happens to be similar to the dialectal and linguistic map of France (Link).

3 comments:

  1. Fascinating, thanks Herauts.

    I understand that brighter colors mean higher presence of the component, right?

    If so it seems that there are three components: Southern or Basque-Occitan, Northern and North-Eastern. Do you have any idea which is the difference between these last two?

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    1. It's just geography The Northern-Eastern axis is a huge trench with the Ardennes, the Vosges, the Rhine, the Jura, the Alps and the Saone-Rhône valley.

      The North-Western axis is Atlantic and articulated around the Seine river.

      It's a shame at least Belgium and Switzerland aren't included.

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  2. Certaines régions on les voit très bien, genre l'Arpitanie, le pays basque, le corse, et la Bretagne. Très interessant!

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J'ai choisi de laisser les commentaires ouverts. Cependant vous perdrez votre temps à me sermonner et à me traiter de fasciste (ce que je ne suis vraiment pas) : je vous prie de lire mon introduction qui saura vous rassurer quant à mes intentions. Dans l'amateurisme le plus complet, je n'agis que dans un but de connaissance. Je comprendrai aisément que vous ne partagiez pas mon intérêt pour l'histoire du peuplement du monde, abstenez-vous de vous donner facilement bonne conscience sur le dos d'un travail qui se veut avant tout documentaire et humble.

I've chosen to let people comment freely on my posts. Nevertheless, you'll lose your time taunting me and calling me a fascist (which I'm really not) : I pray you to read my introduction which will reassure that my intentions genuinely aim at achieving amateurish knowledge. I understand that you may not share my passion for the history of the peopling of the World, just don't let me know as clear conscience gained by bashing a humble documentary work is useless.

http://anthrofrance.blogspot.com/2009/05/introduction.html